В землището на село Войнягово следи от уседнал живот и селища има още от времето на каменно-медната епоха (халколит). Такива поселения са открити в близост до бреговете на река Стряма в местностите "Айлезьово" и "Адъта", като последното е разположено през реката точно срещу станалото прочуто със златните си изделия халколитно селище в м. "Саровка" до с. Дъбене. В северните поли на Средна гора над селото в местностите "Малка Сърдинка", "Рошава могила" и "Чакърка" има запазени скални светилища със соларни кръгове и изсичания в скалите, които местното население оприличава на "воденични камъни"(соларните кръгове при "Рошава могила" и "Малки Стеници"), а други на "хлябовете"- при "Чакърка" (тъй като действително приличат на огромни хлябове сложени да втасват). В околностите на селото има доста останки от тракийски поселения най-вече в полите на Средна гора, за което говорят и няколко находки от тракийски и древногръцки монети-предимно тетраоболи и тетрадрахми. През трако-римския период ( І-ІІв. сл. Хр.) в землището на селото просъществувала пътната станция „Виа Мата“ (м. „Големи Стеници“) на пътя Филипопол-Субрадице (дн. с. Христо Даново) — Мелта (дн. Ловеч), а също има и няколко селища от този период, като най-голямото от тях в м. „Чегрей“ просъществувало дори до XV век. Колко рано прониква християнството в този район е видно от развалините на няколкото черковища из войняговското землище, най-ранното от които в м. „Пресвята“ е от ок. V–VI век сл. Хр. Пак от същото време е и това в м. „Чегрей“. От времето на Византия , I-во и II-ро българско царства са: „Димитрова черква“ в едноименната местност, „Атанасова черква“ в м. „Светата вода“, и черковището „Летни св. Никола“ в м. „Черковището“. През време на Средновековието селището многократно преминавало ту в българско, ту във византийско владение, докато в края на XII век окончателно останало в пределите на българското царство. Една легенда сочи като основател на селото болярина Войнег, който събрал пръснатите по Средна гора колиби в едно село, което приело името му, което според легендата се случило към средата на ХІІІ-то столетие. За съжаление никъде досега в историческите документи не се среща болярин на име Войнег, което оставя легендата легенда. Има по-правдоподобно обяснение за произхода на името, което ще бъде изложено на съответното място.
Във времето на османското нашествие селището в м. „Чегрей“ е напуснато от жителите си, като голямата част от тях се заселили при прадедите на войняговци, а землището му било присъединено към това на Бере(н)де (Войнягово) като „мезра Куманица“ — т. е. запустялото село Куманица, а данъците му също са поети от населението на Бере(н)де. В един османски регистър за годината 1477 е отбелязано запустялото село (мезра) Костандин намиращо се между селата Бере(н)де (т.е. Войнягово) и Салих (дн.Дъбене). Османското нашествие заварва селището Бере(н)де (дн. Войнягово) на около 1 км северозападно от днешното местоположение на селото в м. „Калугерец“, а църквата му била „Св. Атанасий“, развалините на която стояли там до унищожаването им в 1902 г. Селото още във времето на Второто българско царство е било със статут на войнишко селище (съдейки и по името му), който статут запазва дори до 1839 г., когато с Гюлханския хатишериф тази категория население е освободена от войнишките си тегоби. Селото е било войнишко и това категорично сочи едно „Ходут-наме“ (документ описващ границите на селото) от 1712 г., където изрично се упоменава и взимания от селото „войнишки данък“ и войнишките „бащини“, пак тук за пръв път се споменава и за отглеждането на маслодайната роза Rosa damascena в м. „Гюловете“. В един османски регистър от 1566, в който са описани селата дадени във вакъфско владение на джамията "Султан Сюлейман" в Цариград (видно и от Ходут-намето) селото е записано с името "Домуз дере"(Свинско дере) и второ име Бере(н)де. Името Домуз дере селото най-вероятно е получило, тъй като е било разположено на дерето "Куманица", в което и до днес живеят големи популации диви свини. В друг един джелебски регистър(регистър на едри овцевъди) от 1576 селото е записано под името Бере(н)де кьой, с това име селото фигурира и в „Ходут-наме“-то от 1712 г. Името „Беренде“ е от тракийски произход, като то е производно от тракийската дума „брендон“ (елен), или иначе казано би трябвало да се нарича Еленово (село). Поради войнишкото си население, което в онази епоха се наричало „войнигани“, селото от края на XV век започнало да се нарича Войнеганово, а впоследствие с по-съкратеното Войнегово/Войнягово, според западните или източните български говори.
От средата на XVIII в. има и църковни приписки, където се упоменава с името Войнягово. Има някои податки и загатвания, че днешното село Войнеговци (днес квартал на София) е заселено от изселници от Войнягово, някъде в средата или третата четвърт на XVI в. Тогава е обновен манастира „Св. Димитър“ (Подгумерски манастир) в близост до землището на Войнеговци като се предполага, че манастирът е основан през XIII век, а от запазен надпис над вратата на манастирската църква личи годината 1597 — вероятно годината на обновяването на храма от преселниците от Войнягово, тъй като св. Димитър е светията-покровител на Войнягово и патрон на църквата му открай време(развалините на т.нар. Димитрова черква до селото най-грубо могат да се датират в ХІІ в). Във време на османското владичество Войнягово е приемало преселници от разни краища на българското землище. Помнят се преселвания и изселвания в селото през XVII и XVIII век както от околните селища- изчезналото в 1688г павликянско село именувано в османски източници Тарики Павликян, а също и от Дъбене, Баня,Михилци така и от Ямболско (с. Войника), Старозагорско (с. Елхово -общ. Николаево), Чипровци, Стрелча, Троян и т. н. В XIX век започва и разселване на войняговци. Към 1829 г. част от населението на Войнягово се изселва заедно с руските войски на ген. Дибич-Забалкански при изтеглянето им в Бесарабия, в селата Камбер и Башкьой (дн. Румъния). Известният български политик от края на XIX и началото XX на век Димитър Петков-Свирчо и синовете му Петко Д. Петков и Никола Петков са потомци на изселници от Войнягово. През 1852/53 г. е построена и осветена църквата „Св. вмчк Димитрий Солунски“ — тя е умалено копие на църквата „Св. апостоли Петър и Павел“ в гр. Сопот и е един от най-добрите образци на брациговската строителна школа, заедно със сопотската църква. Обявена е за паметник на културата през 70-те години на XX век.